例えば、在職中の従業員一人に１００万円を支払えば、他の従業員にも話す可能性があります。そうなると、他の従業員にも同額を支払わなくてはならなくなります。
退職を条件に残業代を支払うことを交渉するか、賃金体系を見直して全社員に支払えるようにするのか、検討することになります。
部分的な解決として、未払い残業代請求について権利主張してきた社員だけに支払うような不公平な対応は後日問題を大きくします。

例えば、通常の訴訟で考えてみます。被告が土地などの財産を所有していたが、土地を全て売却してしまい、財産を隠してしまったとします。これでは訴訟で勝訴しても被告からお金を回収することができません。
そこで、あらかじめ被告の財産について、売ったり隠したりできなくする制度が民事保全です。
銀行口座がばれていますと預金の仮差押え、取引先がばれていますと請負代金等の仮差押えのリスクがあります。
民事保全には、訴訟で原告の請求が認められるかどうか審理してから財産を差押えしたのでは間に合わないという要件が必要になります。
会社の経営が危ない等の事情を疎明・証明できなければ、民事保全手続ができませんので、仮差押えの手続がされるリスクはそこまで高くありません。

残業代の交渉において、会社として減額交渉することになります。そうなれば、従業員にとっては面白くありません。
従業員が労働基準監督署に相談し、労働基準監督署から呼び出しがあることもあります。マスコミに取り上げてもらうようお願いする従業員側弁護士もいます。
あくまで、従業員との間で減額交渉をする以上は、これらのリスクは覚悟頂くほかありません。
逆に、従業員の言いなりに多額の解決金を支払うと、その当該従業員は他の従業員に「簡単にお金がもらえた。」と伝えるリスクがあります。
また、会社に対して１００％満足している従業員などいません。次々に従業員が退職して残業代を請求してくることもあります。
会社としては、様々なリスクがあるものの、会社の言い分はしっかりと伝えて交渉すべきです。
労働基準監督署から呼び出しを受け、会社の法令違反について改善せよと是正勧告を受けることがありますが、その際には一つ一つ問題解決していくしかありません。

「労働局あっせん、労働審判及び裁判上の和解における雇用紛争事案の比較分析」という労働政策研究報告書等もありますが、一般に幾らというのは難しいです。１００万円～３００万円ぐらいまでの解決が多いようにかんじています。
私見としては、和解金の目安は裁判になった場合に認定されるであろう金額の８割の金額で交渉することが多いです。

まずは、会社側で残業代を計算し、こちらでの解決金を提案します。
こちらが主張する金額で納得すれば和解で終了です。納得できなければ、従業員が訴訟を起こしてくることになります。
訴訟になった場合にも、裁判官は長々と審理するよりも早期の和解を勧めます。訴訟になったとしても、ほとんどのケースでは和解によって終了します。
訴訟で和解できなければ判決が下ります。判決の場合には付加金という金額が付いて支払額が増えます。したがって、会社としては、未払い残業代に関して支払う(負ける)方向でしか交渉できないのが実情であります。